现行补偿机制与农村公共卫生机构举办模式之间存在矛盾。这一问题表现得尤其突出的是村卫生室。迄今为止，国家在体制层面却未曾明晰村卫生室的社会属性和隶属关系，从而导致对村卫生室的财政补偿缺乏相应的政策支持。在补偿机制不完善的情况下，目前村卫生室的主要收入依然是医疗业务收入，这种“以药养医、重治轻防”的办医格局尚未根本扭转。值得注意的是，如果不将乡村医生的补偿政策与基本药物制度同步进行，那么，随着基本药物制度的实施，乡村医生将会失去必要的生活来源，村卫生室将会面临倒闭的危险。