新型农村合作医疗经过几年运行，取得了很大成就，但在实际操作中仍有一些问题需要引起有关部门重视。

　　一是医生处方自费药品偏多。一些地方的医务人员更多考虑自身效益，在农民看病用药上多开自费药品，造成农民报销比例偏低。二是准予报销的用药范围偏小。目前参合农户看病、住院能报销的用药范围很有限，大部分药品都不在报销范围内。三是报销门槛偏高。乡镇中心卫生院８０元和县级医院２００元的报销门槛，对农民来说仍然偏高。农民患病就诊意识增强后，看一般性疾病开始普遍起来。一般来说医药费用开支不是很大，而报销时减去“门槛费”后的实际报销补助很少，不少困难农民怕花钱，又会回到有病拖的老路上。四是报销比例偏低。部分已看病报销的农户反映，到乡镇中心卫生院或县医院看病后的费用报销减去“门槛费”和不能报销的药费，再按４５％或３５％的比例报销，实际报销能领回的补助金额太少，一般都在总费用的３０％以内。五是对特殊病例关照偏少。农村一部分特殊病人（精神病、传染病等）长年患病，这些患者的家庭经济大多十分困难，一旦发病进医院，能治疗这些疾病的药物又大多属自费范围，往往是住院开支几千元，最终报销领回一二百元，不能真正解决农村困难群体和特殊病人就医困难的问题。对最需要关照的群体却关照偏少，在政策的落实上打了折扣。